1985年9月北航成立审计室，学校审计工作开始步入正轨。1988年12月16日，根据当时的上级主管部门要求，撤销审计室，成立校监察委员会和监察审计处。1992年6月学校校务扩大会议研究决定撤销监察审计处，成立审计处和监察处。1999年6月学校撤销审计处，成立财会审计处，下设审计科。2002年11月学校机构改革，重新设立审计处。

学校审计工作坚持党委领导下校长负责的工作机制，成立了党委书记和校长为双组长的审计工作领导小组，全面领导学校内部审计工作。